#Bodenbiologie & Stoffkreisläufe #2011 – 2014
Soilomics (Teilprojekt)
Erfassung der Struktur und Funktion der Bodenbakteriengemeinschaft entlang der Landnutzungs- und Managementgradienten in den Biodiversitäts-Exploratorien
- Untersuchung von großskaligen Veränderungen in der Diversität und Gemeinschaftszusammensetzung von Bodenbakterien, sowie Identifizierung gruppenspezifischer Muster aufgrund unterschiedlicher Landnutzungstypen und Managementregimes auf allen Experimentierflächen der Exploratorien.
- Erforschung kleinskaliger biogeochemischer Veränderungen in der Bodenbakteriengemeinschaftsstruktur und –diversität über die Zeit auf einem Experimentierplot.
- Erschließung des Einflusses der Baumart auf die Struktur, Diversität und Funktion von mikrobiellen Gemeinschaften im Boden.
- Identifizierung von Unterschieden bzgl. Landnutzungs- bzw. Exploratoriums- typischer mikrobieller Schlüsselfunktionen.
- Durch die Veränderung von Bodenparametern haben Landnutzungstyp und Managementregime einen indirekten signifikanten Einfluss auf die Diversität und Zusammensetzung bakterieller Gemeinschaften im Boden.
- Übergeordnete Strukturen von Bakteriengemeinschaften werden durch kleinskalige biogeochemische Effekte nicht beeinflusst, aber werden sich über die Saison ändern.
- Phylogenetische und funktionelle Profile bakterieller Gemeinschaften in durch Fichten durchwurzelten Böden weichen stark von durch Buchen und Eichen durchwurzelten Böden ab.
- Landnutzungstyp und Managementregime bedingte charakteristische Muster von mikrobiellen Schlüsselfunktionen sind unabhängig vom Exploratorium vorzufinden.
Grosskalige Veränderungen:
- DNA-Analyse von Bodenproben aller Experimentellen Plots (Zusammenarbeit mit dem Zentralprojekt Buscot und Wubet)
- Barcode-Analyse von 16S rRNA Amplicons (10000 pro Probe)
- Korrelation mit biogeochemischen Eigenschaften, Managementtyp, Pilz- (Zentralprojekt Buscot/Wubet) und Acidobakteriengemeinschaften (ProFIL, Overmann)
Kleinskalige Veränderungen:
im Rahmen des Projektes Scalemic (Kandeler, Marhan)
Kaiser K., Wemheuer B., Korolkow V., Wemheuer F., Nacke H., Schöning I., Schrumpf M., Daniel R. (2016): Driving forces of soil bacterial community structure, diversity, and function in temperate grasslands and forests. Scientific Reports 6:33696. doi:10.1038/srep33696
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doi.org
Kleinräumige Variation mikrobieller Gemeinschaften des Bodens unter Rotbuche und Rotfichte
Nacke H., Goldmann K., Schöning I., Pfeiffer B., Kaiser K., Castillo-Villamizar G. A., Schrumpf M., Buscot F., Daniel R., Wubet T. (2016): Fine spatial scale variation of soil microbial communities under European beech and Norway spruce. Frontiers in Microbiology 7:2067. doi: 10.3389/fmicb.2016.02067
Mehr Informationen:
doi.org
Kaiser K. (2016): Dependence of soil microbial community structure and function on land use types and management regimes. Dissertation, University Göttingen
Mehr Informationen:
ediss.uni-goettingen.de
Der Landnutzungstyp beeinflusst die mikrobielle Gentranskription im Boden
Nacke H., Fischer C., Thürmer A., Meinicke P., Daniel R. (2014): Land Use Type Significantly Affects Microbial Gene Transcription in Soil. Microbial Ecology 67 (4), 919-930. doi: 10.1007/s00248-014-0377-6
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doi.org
Microbial diversity associated to beech -spruce species and characterization of novel bacterial phosphatases from the German exploratories soil metagenomes
Villamizar G. A. C.(2014): Microbial diversity associated to beech -spruce species and characterization of novel bacterial phosphatases from the German exploratories soil metagenomes. Master thesis, University Goettingen
Pallmann P., Schaarschmidt F., Hothorn L. A., Fischer C., Nacke H., Priesnitz K. U., Schork N. J. (2012): Assessing group differences in biodiversity by simultaneously testing a user-defined selection of diversity indices. Molekular Ecology Resources 12 (6), 1068-1078. doi: 10.1111/1755-0998.12004
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doi.org
Identifizierung und Charakterisierung von neuen cellulolytischen und hemicellulolytischen Genen und Enzymen aus deutschen Grünland Bodenmetagenomen
Nacke H., Engelhaupt M., Brady S., Fischer C., Tautzt J., Daniel R. (2012): Identification and characterization of novel cellulolytic and hemicellulolytic genes and enzymes derived from German grassland soil metagenomes. Biotechnology letters 34 (4), 663-675. doi: 10.1007/s10529-011-0830-2
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doi.org
Heiko Nacke (2012): Identification and Characterization of Microbial Key Functions in Soils of the German Biodiversity Exploratories Representing Different Land Use and Management Types. Dissertation, University Goettingen
Mehr Informationen:
ediss.uni-goettingen.de
Functional and phylogenetic analyses of soil microbial communities derived from the German Biodiversity Exploratory Hainich
Kaiser K.(2012): Functional and phylogenetic analyses of soil microbial communities derived from the German Biodiversity Exploratory Hainich. Master thesis, University Goettingen
Identifizierung von neuen lipolytischen Genen und Genfamilien durch Screening metagenomischer Genbibliotheken aus Bodenproben der Deutschen Biodiversitäts-Exploratorien
Nacke H., Will C., Herzog S., Nowka B., Engelhaupt M., Daniel R. (2011) Identification of novel lipolytic genes and gene families by screening of metagenomic libraries derived from soil samples of the German Biodiversity Exploratories. FEMS Microbiology Ecology 78, 188-201. doi: 10.1111/j.1574-6941.2011.01088.x
Mehr Informationen:
doi.org
Beurteilung der Struktur bakterieller Gemeinschaften über verschiedene Bewirtschaftungsformen in deutschen Wald- und Grünland-Böden mittels Pyrosequenzierung
Nacke H, Thürmer A, Wollherr A, Will C, Hodac L, et al. (2011) Pyrosequencing-Based Assessment of Bacterial Community Structure Along Different Management Types in German Forest and Grassland Soils. PLoS ONE 6(2): e17000. doi:10.1371/journal.pone.0017000
Mehr Informationen:
doi.org
Christiane Will (2011): Assessment of the functional diversity of soil microbial communities in the German Biodiversity Exploratories by metagenomics. Thesis, University Goettingen
Mehr Informationen:
ediss.uni-goettingen.de
Will C., Nacke H., Daniel R. (2010): Charakterisierung und Nutzung der bakteriellen Diversität in Bodenmetagenomen. GenomXpress, No. 1/10, 9-12
Mehr Informationen:
www.pflanzenforschung.de
Die horizontspezifische Zusammensetzung der bakteriellen Gemeinschaft in deutschen Grünlandböden wurde mittels Pyrosequenzierung des 16S rRNA Gens analysiert
Will C., Thürmer A., Wollherr A., Nacke H., Herold N., Schrumpf M., Gutknecht J., Wubet T., Buscot F., Daniel R. (2010): Horizon specific bacterial community composition of German grassland soils, as revealed by
pyrosequencing-based analysis of 16S rRNA genes. Applied and Environmental Microbiology 76 (20), 6751-6759. doi: 10.1128/AEM.01063-10
Mehr Informationen:
doi.org
Charakterisierung von aus Bodenmetagenomen isolierten lipolytischen Genen und Genprodukten
Herzog S.(2009): Charakterisierung von aus Bodenmetagenomen isolierten lipolytischen Genen und Genprodukten. Thesis, University Goettingen
Identifizierung und Charakterisierung von Genen für lipolytische Enzyme aus Bodenproben des Nationalparks Hainich
Nowka B.(2009): Identifizierung und Charakterisierung von Genen für lipolytische Enzyme aus Bodenproben des Nationalparks Hainich. Thesis, University Goettingen
Öffentliche Datensätze
Daniel, Rolf (2018): Bacterial diversity as assessed by Shannon index in top soil collected at six dates in 2011 with respect to AEG31 (SCALEMIC Experiment). Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/23966?version=2
Daniel, Rolf; Kaiser, Kristin (2016): Bacterial diversity indices based on 16S rRNA gene sequences (V3-V5) 300 EPs. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/19706?version=2
Daniel, Rolf; Kaiser, Kristin (2016): Bacterial functional profile (predicted metagenome), 300 EPs. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/20346?version=2
Daniel, Rolf; Kaiser, Kristin (2015): Bacterial Abundances based on partial (V3-V5) 16S rRNA genes (300EPs). Version 4. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/19526?version=4
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2013): Soil bacterial diversity under trees of HEW3 and HEW6 at fine spatial scale, 2012. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/16726?version=2
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2013): Taxonomic analysis of soil metatranscriptomes (VIPs, 2011). Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/16707?version=2
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2013): Functional analysis of soil metatranscriptomes (VIPs, 2008). Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/16706?version=3
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2010): 16S rRNA gene based analysis, topsoil, jointsampling, Soilomics, ALB, VIPs, 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/10564?version=2
Fischer, Christiane; Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2010): Relative Abundance of Bacterial Phyla derieved from 16S Pyrosequencing, Topsoil and Subsoil Hainich Grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/10561?version=2
Fischer, Christiane; Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2010): 16S analysis (pyrosequencing), Hainich grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/10202?version=2
16S rRNA gene (V2-V3 region) based analysis of soil procaryotic community composition, Alb VIPs 2008
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2009): 16S rRNA gene (V2-V3 region) based analysis of soil procaryotic community composition, Alb VIPs 2008. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/5600?version=3
Fischer, Christiane; Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2009): Characteristics of Large Insert Libraries constructed from DNA of Topsoil and Subsoil Samples, Hainich Grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/5304?version=2
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2009): Characteristics of Large Insert Libraries constructed from DNA of Topsoil and Subsoil Samples, Alb and Schorfheide Grassland VIPs 2008. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/5281?version=3
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2009): Characteristics of Small Insert Libraries constructed from DNA of Topsoil and Subsoil Samples, Alb and Schorfheide Grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/5280?version=2
Fischer, Christiane; Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2009): Characteristics of Small Insert Libraries constructed from DNA of Topsoil and Subsoil Samples, Hainich Grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/5303?version=2
Nacke, Heiko; Daniel, Rolf (2008): DNA Concentrations of Isolations from Topsoil and Subsoil Samples, Alb and Schorfheide Grassland VIPs 2008. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de/ddm/data/Showdata/2847?version=2
Wissenschaftliche Mitarbeiter:innen
